В 1838 году в Австрийской империи была обнаружена рукопись объемом 448 листов с 87 миниатюрами. Кодекс получил название в честь небольшого городка Рохонци (ныне Рехниц, Австрия) на бывшей территории Королевства Венгрия, где он хранился в составе библиотеки венгерского графа Густава Баттьяни.
Ранняя история рукописи неизвестна, в частности, нет никаких сведений о том, как она попала в библиотеку графа. Известно, что обширная библиотека семьи Баттьяни подвергалась неоднократной частичной инвентаризации, однако в документах не найдено записей, которые можно убедительно соотнести с рукописью. Возможное указание на кодекс содержится в записи 1743 года библиотеки Баттьяни, где упоминается книга «Венгерские молитвы, том 1, формат 12». Предполагаемое религиозное содержание кодекса и его размер согласуются с этой записью, но книги подобного формата были распространены в то время, так что это может быть лишь случайным совпадением.
В рукописи размером 10 на 12 см, 448 листов, бумага для нее, скорее всего, была изготовлена в Венеции в начале XVI века. Текст написан справа налево и снизу вверх. На каком языке написана рукопись, ученым установить не удалось. Над разгадкой кодекса бились лучшие филологи Восточной Европы. Высказывались предположения, что кодекс написан на языке шумеров, даков или других древних народов, но они не получили поддержки в научном сообществе. Одной из причин, почему Кодекс Рохонци не был расшифрован, является его алфавит. По подсчетам, количество уникальных символов в нем достигает почти 800. На иллюстрациях манускрипта изображены религиозные сцены, светская жизнь и мировые кампании, а также можно увидеть крест, полумесяц и солнцеворот.
Над расшифровкой манускрипта в XIX веке бились отец и сын Иречеки, Михай Мункачи, лучшие филологи Восточной Европы. Высказывались мнения о том, что кодекс написан на языке даков, шумеров либо других древних народов, но они не получили поддержки в научном сообществе.
28 мая 2018 журнал «Криптология» опубликовал статью Левенте Залтана Кирали, специалиста по компьютерным наукам Будапештского университета и Университета им. Гаспара Кароли Реформатской церкви Венгрии, написанную им совместно с Габором Токай — специалистом по археологии и истории искусств Венгерской национальной галереи, под названием «Cracking the code of the Rohonc Codex» («Взлом кода Кодекса Рохонци»).
Это первая публикация из планируемых авторами нескольких статей, посвященных детальному описанию содержания, поиска и применения кодов для дешифровки манускрипта. Профессиональное сообщество криптологов признало предложенный авторами вариант дешифровки наиболее интересным среди всех имеющихся на сегодняшний день.
В мире существует еще множество версий расшифровки рукописи, но ни одна официально не признана верной. Не отрицают и фальсификацию манускрипта трансильванским антикваром Самуилом Немешем.